Johannes Berger zählt zu den gefragtesten Organisten und Cembalisten.
Neben einer umfangreichen solistischen Konzerttätigkeit, die ihn in fast alle Länder Europas bis hin nach Südamerika und Nordafrika führte, verbindet ihn eine enge Zusammenarbeit mit den Münchner Philharmonikern, dem Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, dem Mahler Chamber Orchestra, dem Bayerischen Staatsorchester und dem Lucerne Festival Orchestra. Weitere Orchester, mit denen er musiziert, sind das Mozarteumorchester Salzburg, das Münchener Kammerorchester, das Württembergische Kammerorchester, das Georgische Kammerorchester, das Orquesta Sinfónica von Teneriffa und die Rundfunk-Sinfonieorchester des SWR und WDR. Er arbeitete mit namhaften Dirigenten wie Mariss Jansons, Bernard Haitink, Kirill Petrenko, Teodor Currentzis, Simon Rattle, John Eliot Gardiner, Philippe Herreweghe und Gustavo Dudamel zusammen und spielte in bedeutenden Konzertsälen wie der Philharmonie de Paris, dem Musikverein Wien, der Royal Albert Hall London, dem Gulbenkian Lissabon, dem KKL Luzern, dem Palau de la Música Barcelona, der Philharmonie Berlin, der Elbphilharmonie Hamburg, der Zaryayde Hall Moskau, dem Arts Center Seoul und der National Concert Hall Taipeh.
Johannes Berger studierte Orgel, Cembalo und Kirchenmusik in München (Harald Feller und Christine Schornsheim) sowie ergänzend in Amsterdam und in Salzburg.
Bei nationalen und internationalen Wettbewerben ging er als Preisträger hervor. Unter anderem gewann er den Orgelwettbewerb „Grand Prix Bach de Lausanne“, wo er auch mit dem Publikumspreis ausgezeichnet wurde.
Seit 2009 ist er Organist und Kustos an der Heldenorgel in Kufstein und ist außerdem Künstlerischer Leiter und Cembalist des Barockorchesters Concerto München.